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Des coronavirus de chauves-souris au Laos proches du SARS-CoV-2  

Des coronavirus de chauves-souris au Laos proches du SARS-CoV-2  
Des chercheurs de l’Institut Pasteur  ont découvert , au nord du Laos, des coronavirus de chauves-souris dont il apparaît qu’ils représentent à ce jour les ancêtres les plus proches du SARS-CoV-2, responsable de la Covid-19 révèle le journal  français Le Monde dans un article parue le 20 septembre 2021.  https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/ .  Cette étude devrait permettre plus d'informations sur  l’agent viral responsable de la Covid-19,  l’origine du SARS-CoV-2 et les circonstances de sa transmission à l’homme.  D'après plusieurs études, le  coronavirus le plus proche du SARS-CoV-2 sur le plan génétique était RaTG13.  "Cette souche, qui présente une identité de 96,2 % avec le SARS-CoV-2 au niveau de sa séquence génomique complète, a été isolée à partir d’échantillons de matières fécales (fèces) et de prélèvements anaux de chauves-souris (Rhinolophus affinis) récoltées en Chine en 2013", explique  l'article . De fait, les  chercheurs se sont intéressés à la séquence codant la protéine spike présente à la surface du SARS-CoV-2 et qui sert au virus à se fixer sur le récepteur ACE2 présent sur la membrane des cellules humaines qu’il infecte. Cette protéine se lie à ACE2 via une petite région appelée domaine de liaison au récepteur cellulaire (RBD, receptor binding domain). D'après l'auteur de l'article, la souche RaTG13 de la chauve-souris Rhinolophus affinis, possède un RBD dont la séquence génétique présente peu de similitude avec celle codant le RBD du SARS-CoV-2.  Mais la question qui se pose est ce qu’il existe un coronavirus de chauves-souris possédant un motif RBD sur sa protéine spike assez semblable à celui du SARS-CoV-2 pour être capable de se lier avec le récepteur humain ACE2.
Les  coronavirus de chauves-souris seraient capables d'infecter des cellules humaines
Sarah Temmam, Marc Eloit et leurs collègues indiquent sur Research Square, site de prépublication de la revue Nature, avoir identifié, au Laos, de tels virus chez des chauves-souris. Ces animaux hébergent des coronavirus dont le RBD ne diffère que de seulement un ou deux acides aminés avec celui du SARS-CoV-2. De fait, ces virus sont capables de se lier fortement au récepteur humain ACE2 et d’infecter des cellules humaines exprimant ACE2 à leur surface.  En effet, les chercheurs de l’Institut Pasteur au Laos  ont effectués des prélèvements de salive, de matières fécales (fèces) ou d’urine et de sang sur chauves-souris capturés , entre juillet 2020 et janvier 2021 dans quatre sites du pays.  Les échantillons fécaux ont servi à la détection d’ARN viral  et la technique PCR a été utilisée pour détecter le coronavirus.  Par la suite des séquences de sarbecovirus (sous-genre de la famille des Betacoronavirus auquel appartient le SARS-CoV-2) ont été identifiées au Laos chez des chauves-souris fer à cheval (Rhinolophus) appartenant à trois espèces différentes : R. malayanus, R. marshalli, R. pusillus. L’analyse des chercheurs montre que le  génome du SARS-CoV-2 renferme  des séquences déjà identifiées chez des coronavirus des chauves-souris R. malayanus (RmYNO2) et R. pusillus (RpYNO6) trouvés en Chine au sud Yunnan en 2019, également chez R. affinis (RatG13), et récemment chez de nouveaux coronavirus isolés lors de cette dernière étude. Autrement dit, les fragments de génome provenant de chauves-souris d’espèces différentes semblent avoir contribué à l’apparition du SARS-CoV-2. De fait, d'après l'article, il se pourrait que l’origine du virus responsable de la pandémie Covid-19  se situe plus au sud de la province chinoise du Yunnan, plus précisément  dans cette région située autour du Mekong. Les colonies de chauves-souris rhinolophes qui vivent dans des grottes en Chine vivent probablement également au Laos, au Myanmar (ex-Birmanie), en Thaïlande et au Vietnam, précisent les auteurs de l’article sur Research Square.
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